India Memburu Varian Virus Corona yang Telah 'Mengkhawatirkan'

INTERNASIONAL - Seperti semua virus, virus corona penyebab pandemi Covid-19 terus berubah sambil berpindah dari satu orang ke orang lain. Mayoritas dari perubahan tersebut, atau mutasi, tidak berdampak apa-apa, dan tidak mengubah perilaku virus.

Namun beberapa mutasi dapat menyebabkan perubahan pada protein spike yang digunakan virus corona untuk menempel dan memasuki sel manusia. Varian-varian virus ini dapat menjadi lebih mudah menular, mengakibatkan penyakit yang lebih parah, atau menghindari vaksin. Varian seperti itu telah diidentifikasi di Inggris, Afrika Selatan, dan Brasil, dan sekarang telah menyebar ke puluhan negara.

Pekan lalu, seorang pejabat kesehatan di AS memperingatkan bahwa penyebaran varian virus corona yang sangat mudah menular berpotensi menyebabkan "gelombang keempat kasus" di negara tersebut. Varian Brasil tampak lebih mudah menular dan dapat mencegah kekebalan yang diakibatkan infeksi di masa lalu, kata para ilmuwan. Sementara varian Inggris berada di balik sejumlah infeksi baru di AS dan Eropa.

Para "detektif genom" di seluruh dunia tengah memburu mutan-mutan ini. Para ilmuwan mampu mendeteksi perubahan dengan mengurutkan genom virus, dalam proses yang disebut sekuensing, setelah mengambil sampel dari tenggorokan pasien yang terinfeksi. Mereka memecahkan kode genetik virus - ibarat membaca manualnya - dan mulai melacak mutasinya.

India adalah negara kelima di dunia yang melakukan sekuensing genom virus corona baru, diisolasi dari kasus pertama yang ditemukan di negara bagian Kerala pada Januari tahun lalu. Sejak itu, India telah mencatat lebih dari 11 juta kasus dan lebih dari 150.000 kematian akibat penyakit tersebut. Tetapi baru sekarang India mulai meningkatkan sistem surveilans untuk melacak riwayat genetik dari sampel lokal Sars-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19.

Waktunya sangat tepat: beberapa negara bagian melaporkan peningkatan infeksi sekalipun jumlah kasus menurun drastis di negara itu. Wajar saja, ada kekhawatiran bila varian baru virus menjadi penyebab lonjakan tersebut. India mengatakan telah menemukan 242 kasus dari tiga varian luar negeri - sebagian besar dari Inggris - di populasinya sejauh ini.

Para ilmuwan mengatakan kecil kemungkinan mereka ada hubungannya dengan lonjakan infeksi baru-baru ini, yang sebagian besar diduga akibat kelengahan masyarakat setelah jumlah kasus menurun drastis. Namun para ilmuwan genom juga "menyelidiki" dua varian yang ditemukan dalam sampel di negara bagian seperti Maharashtra dan Telangana yang telah mencatat lonjakan tingkat infeksi. "Kami mengumpulkan lebih banyak sampel dari lapangan untuk menyelidiki apakah dua varian tersebut terkait dengan lonjakan [kasus]. Kami tak boleh lengah," kata Dr. Sujeet Kumar Singh, direktur Pusat Nasional Pengendalian Penyakit India dirilis BBC.

Pada Januari, sekelompok ilmuwan genom mengungkapkan kekhawatiran dalam sebuah makalah ilmiah bahwa India "sejauh ini belum melakukan sekuensing" hingga kapasitas maksimal, baru menyimpan hanya sekitar 6.400 genom dari lebih dari 1,4 juta kasus yang tercatat (0,06%). Sekarang, konsorsium baru yang terdiri dari 10 lab genomik telah ditugaskan untuk mempercepat sekuensing dan segera melaporkan hasilnya. "Kita perlu terus memantau dan memastikan tidak ada varian yang dikhawatirkan menyebar di populasi. Fakta bahwa itu belum terjadi bukan berarti tidak akan terjadi di masa depan. Dan kita harus memastikan kita bisa mendapatkan buktinya seawal mungkin," kata Dr. Shahid Jameel, seorang virolog ternama.

Inilah mengapa sekuensing genom itu penting. Sebagai permulaan, India menganggarkan US$14juta (Rp201 miliar) untuk mendorong upaya sekuensing. Tujuannya adalah melakukan sekuensing pada 5% dari semua sampel yang telah teruji positif melalui PCR (Polymerase Chain Reaction) - yang mengisolasi materi genetik dari sampel - serta sampel yang memiliki jumlah virus (viral load) yang tinggi.

Dalam 10 bulan terakhir, India telah melakukan sekuensing pada lebih dari 6.000 sampel virus corona dari 22 negara bagian untuk mencari tahu bagaimana virus berubah di populasi. (Sebagian besar sampel mengandung satu varian virus yang mungkin dibawa oleh pelancong dari Eropa.) Lebih dari 7.600 mutasi telah dicatat, "kebanyakan tidak penting," menurut Dr. Rakesh Mishra, direktur Pusat Penelitian Biologi Sel dan Molekuler (CCMB) yang berbasis di Hyderabad.

Lebih banyak mutasi virus ditemukan di Bangalore daripada di kota-kota lain, menurut peneliti dari Institut Sains India. Para peneliti mengatakan ini menunjukkan bahwa virus kini bermutasi lebih cepat - tiga galur yang ditemukan di Bangalore memiliki 27 mutasi dalam genomnya dengan lebih dari 11 mutasi per sampel, lebih banyak dari rata-rata nasional (8,4) dan rata-rata global (7,3).

Tidak mudah untuk melakukan sekuensing dalam jumlah banyak di negara yang besar dan beragam seperti India. Laboratorium harus mengambil sampel di daerah. Zat kimia yang digunakan dalam reaksi mahal dan harus diimpor. Perlu lemari pendingin untuk menyimpan sampel, dan mesin untuk memetakan genom. Sekuensing satu sampel bisa menghabiskan ongkos hingga US$75 (Rp1,08 juta). Sampel harus dikumpulkan oleh petugas yang terlatih, disimpan di tempat khusus, dan dikirimkan ke laboratorium di seluruh negeri.

Beberapa negara bagian seperti Kerala melakukannya lebih baik dari yang lain: mereka mengirim 25 sampel dari setiap distrik per minggu ke laboratorium sekuensing genom di Delhi. Biasanya butuh waktu sampai 48 jam untuk sekuensing satu sampel. Tetapi jika Anda harus sekuensing sampel dari pelancong asing yang sedang dalam isolasi, Anda harus melakukannya lebih cepat.

Dr. Mishra bilang laboratoriumnya telah menemukan cara untuk mengidentifikasi satu varian spesifik dalam 24 jam tanpa mengurutkan semua sekuens genom. Profesor Ravindra Kumar Gupta, pakar virologi yang berbasis di Cambridge, mengatakan "sekuensing sangat dibutuhkan untuk memahami apa yang terjadi" dengan virus corona. Namun ia bertanya-tanya apakah ekonomi seperti India, yang tidak mengeluarkan banyak biaya untuk perawatan kesehatan, perlu mengalihkan sumber dayanya untuk menggencarkan sekuensing. "Saya pikir sekuensing itu penting. Tapi yang paling penting ialah memvaksinasi lebih banyak orang," katanya kepada saya. "Sekuensing dengan sendirinya tidak menyelamatkan nyawa atau mengubah kebijakan."

Namun seiring India memasuki, apa yang dikatakan Menkes Harsh Vardhan, "penghujung pandemi", perburuan varian virus corona menjadi semakin sengit. "India dalam posisi yang baik. [Angka] kasus dan kematian rendah, rumah sakit tidak kewalahan, vaksinasi semakin cepat," kata Dr. Mishra. "Satu-satunya yang dapat mengacaukan ini adalah varian baru yang berbahaya, yang bisa jadi berkembang di dalam negeri". (*)