Covid-19 dan Mutasi Virus Corona Disebut 'Menyebar Cepat Sekali'

Para ilmuwan mengamati mutasi pada materi genetik virus penyebab Covid-19 untuk menjabarkan penyebaran dan asal-usulnya.

PEKANBARU, RIAUPAGI.com - Sembilan sekuens materi genetik, atau genom, utuh virus SARS CoV-2 dari Indonesia telah diunggah ke pusat data Global Initiative for Sharing All Influenza Data (GISAID) — tujuh sekuens dikirim Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, sedangkan dua lagi dikirim Lembaga Penyakit Tropis Universitas Airlangga (Unair).

Sejak bulan Maret, Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan (Balitbangkes) juga telah mengirimkan enam sekuens parsial ke GISAID. Dilihat dari sekuens genomnya, virus korona yang terdapat di berbagai negara ternyata tidak sama persis dengan di China, tempat asal virus tersebut. Sepanjang perjalanan, mereka telah bermutasi menjadi galur atau strain baru.

Melacak perjalanan virus

Profesor Amin Soebandrio, direktur Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, mengatakan bahwa dengan menjabarkan sekuens genom virus dari Indonesia dan mengunggahnya ke pusat data seperti GISAID, para peneliti bisa membandingkannya dengan ribuan sekuens lain untuk menentukan hubungan kekerabatan yang ditampilkan dalam bentuk pohon filogenetik.

Informasi itu kemudian digunakan untuk menelusuri perjalanan virus serta melacak asal usulnya. "Kita bisa melihat secara internasional itu, virus yang ada di Indonesia berasal dari mana," kata Prof. Amin dirilis BBC News Indonesia.

Misalnya, menurut Nextstrain, yang menganalisis data dari GISAID, galur yang diberi kode JKT-EIJK01 sempat singgah di Amerika Serikat sebelum tiba di Indonesia. Sementara galur EJ-ITD3590NT telah berjalan dari China ke Jerman, Inggris, Amerika Serikat, Arab Saudi, hingga akhirnya sampai ke Indonesia. Analisis ini bakal semakin akurat dengan semakin banyak data sekuens yang masuk. Hingga Selasa (12/05), sudah ada lebih dari 18.000 data sekuens di GISAID dari berbagai negara.

Prof Amin menjelaskan bahwa selain melacak perjalanan virus antarnegara, data sekuens juga bisa digunakan untuk menganalisis pergerakannya di dalam negeri. Misalnya, melihat apakah virus yang ditemukan di Manado sama dengan virus di Jakarta. Penelusuran kontak atau contact tracing selama ini dilakukan berdasarkan riwayat kontak pergerakan orang. Hasil penelusuran itu bisa dikonfirmasi dengan data molekuler, kata Prof. Amin, yang termasuk dalam tim pakar Gugus Tugas Covid-19. "Namanya epidemiologi molekuler, di mana kita akan mengetahui apakah satu orang dengan orang lainnya yang diduga kontak itu virusnya sama.

"Kalau dicurigai, misalnya, si B itu positif setelah kontak dengan si A, itu kan baru berasal dari riwayat kontak manusianya. Tapi kita bisa mengkonfirmasi itu dengan melihat virusnya. Jadi kalau virusnya sama ya itu hipotesisnya benar," ia menjelaskan.

Pakar virologi dari Surya University, Sidrotun Naim, mengatakan bahwa dari sekuens genom para ilmuwan juga bisa memastikan waktu masuknya virus ke Indonesia. Berdasarkan analisis di Nextstrain, ada dua sekuens genom virus Indonesia yang diperkirakan leluhurnya sudah ada di Indonesia sejak setidaknya tanggal 12 Januari — JKT-EIJK0141 dan EJ-ITD853Sp. Namun Sidrotun menekankan bahwa analisis ini bisa berubah seiring bertambahnya data. "Jadi nanti semakin akurat, pembandingnya semakin banyak, mungkin bisa ketarik sedikit, tapi ya mungkin itu perkiraan yang tidak terlalu meleset karena di China sendiri dari Desember sudah ada sebenarnya meskipun baru dilaporkan bulan Januari," ujar Sidrotun.

Ia menambahkan, jumlah sekuens dari Indonesia masih sangat sedikit. Dari 15 data yang dikirim ke GISAID, hanya sembilan yang digunakan dalam analisis karena berupa sekuens genom utuh. Menurut Sidrotun, Indonesia membutuhkan sedikitnya 100 sekuens untuk mengambil kesimpulan yang akurat.

Bagaimana virus korona bermutasi?

Virus bisa mengalami mutasi setiap kali bereplikasi. Mutasi terjadi secara acak, dan bisa menyebabkan perubahan pada asam amino, yang merupakan komponen penyusun protein. Misalnya, galur dari Indonesia yang diberi kode JKT-EIJK2444 mengalami mutasi asam amino pada protein S atau spike, yaitu bagian yang digunakan virus untuk menempel pada sel manusia, dari Threoinin menjadi Isoleusin.

Sedangkan galur lain, EJ-ITD3590NT, yang diunggah oleh para peneliti di Unair, mengalami lima mutasi asam amino pada protein Open Reading Frame (ORF) dan satu mutasi pada protein S. Maka dari itu, mutasi mengakibatkan perubahan pada sifat virus. Dalam seleksi alam, virus dengan sifat yang sesuai dengan lingkungannya akan bertahan hidup. "Mutasi itu bisa menjadi bagus, bisa menjadi jelek (bagi virus)," kata Prof. Amin Soebandrio dari Eijkman.

Namun demikian, karena keterbatasan data, para peneliti belum bisa mengaitkan mutasi itu dengan perubahan sifat virus seperti kecepatan penularan atau gejala klinis. "Kita baru sampai melihat kekerabatannya dengan virus-virus lain di luar negeri," imbuhnya.

Para peneliti di luar negeri telah mengidentifikasi ratusan mutasi virus penyebab Covid-19. Satu penelitian di Italia mengatakan SARS-CoV-2 memiliki laju mutasi yang rendah, dan membagi virus ke dalam kategori S, G, dan V berdasarkan mutasinya. Penelitian tersebut belum melalui proses telaah sejawat (peer review) dan belum secara resmi diterbitkan. Pekan lalu, Menteri Riset dan Teknologi Bambang Brodjonegoro mengatakan bahwa berdasarkan data yang ada, SARS CoV-2 di Indonesia tidak termasuk dalam tiga kategori tersebut.

Riset pendahuluan lainnya di Amerika Serikat menyatakan salah satu mutasi - D614G - menjadi dominan dan bisa membuat virus menjadi lebih menular. Para peneliti dari Los Alamos National Laboratory di New Mexico mengolah data dari GISAID dan menemukan perubahan pada protein spike virus. Mereka mencatat tampaknya ada sesuatu terkait mutasi yang membuat virus ini tumbuh lebih cepat. Namun konsekuensinya belum jelas.

Tim riset ini menganalisis data virus corona dari para pasien di Sheffield, Inggris. Meskipun para peneliti mendapati bahwa pasien yang terinfeksi virus dengan mutasi itu memilki jumlah virus yang lebih banyak dalam sampelnya, mereka tidak menemukan bukti bahwa sakit mereka jadi lebih parah, atau mereka jadi harus tinggal di rumah sakit jadi lebih lama.

Pengembangan diagnostik dan vaksin

Memonitor mutasi pada virus penting untuk pengembangan vaksin. Misalnya pada virus flu, mutasi terjadi dengan cepat sehingga vaksin harus disesuaikan setiap tahun untuk menghadapi galur baru yang beredar. Banyak vaksin Covid-19 yang sedang dalam pengembangan saat ini menyasar protein spike pada virus. Idenya ialah membuat tubuh kita mengenali protein itu dan membantunya melawan virus secara keseluruhan.

Namun apabila protein itu berubah, maka vaksin yang dikembangkan dengan cara ini menjadi tidak efektif. Prof. Amin Soebandrio mengatakan: "Kalau kita mengetahui persis identitas virus yang beredar di Indonesia maka kita bisa membuat diagnostik dan vaksin yang spesifik."

Pengetatan sebaran virus Corona mellui uji swab 

Sementara Pemerintah Provinsi (Pemprov) Riau dalam menggalakkan pengetatan dan penekanan covid-19 melakukan aturan bagi pendatang yang mau masuk ke Riau maupun warga Riau yang habis berkunjung dari luar daerah Riau harus memiliki bukti swab negatif Covid-19 untuk masuk kembali ke Riau.

"Dengan adanya bukti swab, kita bisa memastikan setiap pendatang yang mau masuk ke Riau dalam kondisi sehat dan aman dari Covid-19. Dan begitu juga dengan warga kita yang baru pulang dari daerah luar," ungkap Gubernur Riau Syamsuar, Rabu (2/9/2020).

Setiap pendatang harus memiliki bukti swab sebelum masuk ke Riau, dan ini sendiri bertujuan agar dapat menimalisir penularan virus Covid-19 yang lebih banyak di Riau. Terlebih saat ini kasus terkonfirmasi Covid-19 di Bumi Lancang Kuning mengalami peningkatan yang signifikan. Ia menegaskan, apa yang dilakukan ini bukan berarti melarang warga masuk ke Riau maupun melarang warga keluar dari Riau. Namun sesuai dengan komitmen Riau dalam menangani virus (Covid-19). Terlebih Riau juga telah berencana akan menerapkan PSBB berskala kecil di setiap wilayah yang ada di kabupaten/kota Riau.

"Sebelumnya, kita bersama bupati/walikota se Riau sudah menyepakati untuk melakukan PSBB terbatas di wilayah-wilayah yang banyak ditemukan penyebaran Covid-19. Untuk itu juga kita harus iringi dengan persyaratan swab bagi pendatang. Sehingga PSBB berskala kecil ini bisa maksimal," ucap Gubri.

Gubri menambahkan, bahwa nantinya akan mengkoordinasikan dengan seluruh pemerintah daerah di Riau perihal pemriksaan swab bagi pendatang ini, supaya angka kasus terkomfirmasi covid-19 Riau benar - benar bisa diminimalisir. "Ini harus segera kita tangani dengan maksimal, karena wabah Covid-19 ini sudah banyak berdampak pada pelayanan dan ekonomi masyarakat. Termasuk kapasitas pelayanan kesehatan yang dikhawatirkan kekurangan karena terus mengalami peningkatan," tuturnya.

Prediksi 100 per hari kasus covid-19 

Sebelumnya Satgas Covid-19 Provinsi Riau telah memprediksi akan terjadi pertambahan kasus Covid-19 dimulai bulan September, ini mengingat beberapa hari belakangan yang jumlahnya selalu tinggi. Untuk hari Minggu (30/8/2020) kemarin, terkonfirmasi mencapai rekor baru, dengan tambahan 135 kasus baru. "Ini sesuai prediksi kita, pasca hari raya Idul Adha, kasus Covid-19 akan mengalami peningkatan drastis," kata Juru Bicara (Jubir) Satgas Covid-19 Provinsi Riau dr Indra Yovi.

Ia bahkan memprediksi jika masyarakat tidak patuh protokol kesehatan, maka di Bulan September nanti, peningkatan terkonfirmasi Covid-19 setiap harinya akan mencapai angka 100 kasus. "Karena kita lihat masyarakat sekarang tidak lagi taat protokol. Makanya, bisa hari ini mencapai 135 kasus. Dan kalau tetap tidak patuh, nanti di bulan September, setiap harinya akan bertambah 100 kasus," jelas Yovi.

Satgas Percepatan Penanganan Covid-19 Provinsi Riau, kata Yovi bekerja bukan untuk kepentingan pribadi semata. Semua ini, kata dia dilakukan untuk melindungi masyarakat Riau. "Makanya kami tak bosan-bosannya menyampaikan, patuhilah protokol kesehatan,'' kata Yovi.

Sedangkan Kepala Dinas Kesehatan (Kadiskes) Provinsi Riau, Mimi Yuliani Nazir menyebutkan, dari 135 kasus bertambah rinciannya 3 kasus dari Bengkalis. Selanjutnya, 15 kasus dari Dumai, 29 kasus dari Kampar. Disusul Pelalawan 6 kasus, dari Pekanbaru 46 kasus. Lalu, dari Rohul 1 kasus dan Siak 32 kasus. "Dengan penambahan 135 kasus hari ini. Sampai saat ini kasus di provinsi Riau sebanyak 1740," jelas Kadiskes.

Selain itu, Alhamdulillah, kata Mimi ada sebanyak 28 orang pasien yang dinyatakan sembuh. Dengan penambahan ini maka, total yang sudah sembuh 1066 orang. "Jika dihitung persen, angka kesembuhan di provinsi Riau 61, 3 persen," sebut Kadis menambahkan untuk yang meninggal masih 30 orang, dengan angka 1,7 persen dari total kasus yang ada di Provinsi Riau.

Kasus positif covid-19 di Riau tembus 2.000

Kasus positif COVID-19 di Provinsi Riau hari ini Rabu (2/9/2020) bertambah 107 kasus, sehingga total kasus terkonfirmasi menembus angka 2.000 yakni 2.030 kasus. Secra Nasional, total kasus positif COVID-19 di RI menembus 180.646 kasus per hari ini. Tercatat, virus Corona sudah menyebar ke seluruh provinsi di Tanah Air.

Berdasarkan data yang didapat dari Humas BNPB, Rabu (2/9/2020), kasus positif Corona terbanyak ada di DKI Jakarta dengan jumlah 42.041 kasus. Kemudian Jawa Timur dengan 34.278 kasus dan Jawa Tengah dengan 14.428 kasus. Per 2 September ini kasus positif Corona di RI bertambah 3.075 kasus. Jumlah tersebut tersebar di 31 provinsi. Penambahan kasus positif Corona hari ini ditemukan berdasarkan pemeriksaan 31.001 spesimen. Jumlah spesimen yang diperiksa telah melampaui target Presiden Joko Widodo (Jokowi), yakni 30 ribu spesimen per harinya.

Kabar baiknya, jumlah pasien yang sembuh dari Corona juga bertambah sebanyak 1.914 orang, sehingga total pasien yang sudah sembuh per hari ini berjumlah 129.971 orang. Untuk pasien positif Corona yang meninggal bertambah 111 orang, sehingga totalnya per 2 September ini sebanyak 7.616 orang.

Berikut sebaran 180.646 kasus Corona di tiap provinsi:

Aceh: 48 (1.697) kasus positif, Bali: 169 (5.536) kasus positif, Banten: 68 (2.997) kasus positif, Bangka Belitung: 0 (239) kasus positif, Bengkulu: 4 (353) kasus positif, DI Yogyakarta: 29 (1.474) kasus positif, DKI Jakarta: 1.054 (42.041) kasus positif, Jambi: 1 (303) kasus positif, Jawa Barat: 203 (11.482) kasus positif, Jawa Tengah: 264 (14.428) kasus positif, Jawa Timur: 385 (34.278) kasus positif, Kalimantan Barat: 6 (659) kasus positif, Kalimantan Timur: 72 (4.377) kasus positif, Kalimantan Tengah: 0 (2.585) kasus positif, Kalimantan Selatan: 59 (8.416) kasus positif, Kalimantan Utara: 4 (396) kasus positif, Kepulauan Riau: 47 (1.064) kasus positif, Nusa Tenggara Barat: 14 (2.772) kasus positif, Sumatera Selatan: 34 (4.520) kasus positif, Sumatera Barat: 88 (2.328) kasus positif, Sulawesi Utara: 15 (3.908) kasus positif, Sumatera Utara: 182 (7.124) kasus positif, Sulawesi Tenggara: 15 (1.623) kasus positif, Sulawesi Selatan: 137 (12.194) kasus positif, Sulawesi Tengah: 1 (245) kasus positif, Lampung: 11 (410) kasus positif, Riau: 107 (2.031) kasus positif, Maluku Utara: 5 (1.871) kasus positif, Maluku: 10 (1.910) kasus positif, Papua Barat: 5 (836) kasus positif, Papua: 11 (3.873) kasus positif, Sulawesi Barat: 0 (396) kasus positif, Nusa Tenggara Timur: 12 (191) kasus positif, Gorontalo: 15 (2.090) kasus positif. (*)